Перец можно убирать уже тогда, когда он достигнет технической зрелости и приобретет характерные для сорта размеры.
Плоды снимают выборочно, по мере созревания, примерно через каждые 5 дней. При сборе урожая необходимо соблюдать аккуратность, чтобы не повредить хрупкие стебли растений. Завершить уборку следует до наступления заморозков, поскольку подмерзание плодов крайне отрицательно сказывается на их лежкости. Успешно хранится перец в состоянии как технической, так и биологической зрелости. Полностью созревшие плоды способны сохраняться в холодильнике при температуре 0–1 °C в течение 2 месяцев.
Недозревшие перцы, достигшие технической спелости, укладывают в неглубокие ящики или лотки, переслаивая опилками или бумагой. Также можно хранить их в полиэтиленовых пакетах. В такой упаковке создается газовая среда, замедляющая обменные процессы в тканях плодов. В то же время в ней поддерживается повышенная относительная влажность (около 100 %), что, с одной стороны, позволяет избежать увядания плодов и убыли массы при хранении, но, с другой стороны, вызывает развитие болезней. Оптимальная относительная влажность при хранении перца любой степени спелости составляет 90–95 %.
Плоды в состоянии технической зрелости хранят при температуре 9– 11 °C. Превышение допустимой нормы способствует потере влаги и увяданию плодов, вследствие чего они сильно поражаются заболеваниями. При низкой температуре (ниже 7 °C) перцы переохлаждаются, утрачивают способность дозревать и теряют вкусовые качества. Спустя некоторое время на поверхности плодов образуются продолговатые вдавленные пятна темно-зеленого цвета, а впоследствии они могут подвергаться грибным заболеваниям, что приводит к гибели урожая.
Наиболее эффективен следующий способ хранения перца. Плоды снимаются в состоянии технической зрелости, а затем в течение месяца хранятся при температуре 9-11 °C. В процессе хранения овощи постепенно дозревают. После этого их следует поместить в холодильник и поддерживать температуру на уровне 0 °C. При этих условиях, а также при оптимальной относительной влажности срок хранения перца может продолжаться до 3 месяцев.